También cabe considerar el meritorio ascenso a 2ª división «A» del equipo filial, conocido como Mallorca «B» con una excelente generación de jugadores que acabarían triunfando en el primer equipo, en ese mismo año 1998 como Diego Tristán o Albert Luque. Con el esférico es un futbolista que no rehuye la responsabilidad. En la jornada nº31 el equipo estaba situado en la 18.ª posición a 11 puntos de la salvación tras perder en casa con el Real Zaragoza a falta de siete partidos; incluso el entrenador reconoció que era prácticamente imposible salvarse, pero allí empezó el milagro de la salvación, coincidiendo con el hundimiento del Levante Unión Deportiva. 29 de abril fue cesado y sustituido por Tomeu Llompart a falta de dos jornadas, con el equipo en plena lucha por la permanencia. El equipo sufrió un horrible comienzo de Liga, sumando un solo punto de 12 posibles en los cuatro primeros partidos. El equipo de Gregorio Manzano consiguió la permanencia a falta de cuatro jornadas para finalizar el campeonato gracias a los 37 puntos conseguidos en la segunda vuelta. La permanencia se fraguó con dos victorias, una en el Vicente Calderón 0-1 contra el Atlético de Madrid y otra en casa ante el Valencia CF 2-1 a falta de dos jornadas para el final.
En la Liga Europa consiguieron llegar hasta los cuartos de final tras eliminar a Olympique de Marsella y Valencia en dieciseisavos y octavos respectivamente. En junio del mismo año se anunció su fichaje por el Valencia a cambio de los 12 millones de euros en que estaba valorada su cláusula de rescisión. Esta victoria supuso la clasificación sevillista para la Liga de Campeones, acabando el Mallorca en quinta posición, que daba acceso a la Europa League. Este equipo logró hacerse con el campeonato de Liga en la temporada 1942-43, además de ganar la Copa del Generalísimo durante tres años consecutivos; en 1943, 1944 y 1945 respectivamente. El 11 de septiembre de 2001 el Real Mallorca hace historia y disputa su primer partido de Liga de Campeones de la UEFA en el estadio de Son Moix (actualmente Iberostar Estadio) donde venció 1-0 al Arsenal Football Club con gol de Vicente Engonga de penalti. El partido de ida se jugó en el viejo Sarriá y el Mallorca perdió 1-0. El partido de vuelta se jugó en el estadio Lluis Sitjar, que estaba lleno a rebosar.
En términos de lo que considerábamos importante para llegar a esta cita, llegamos de la mejor manera. En la temporada 2006-2007, Gregorio Manzano se ganó la continuidad en el banquillo y tras dos años coqueteando de manera peligrosa con el descenso, prometió que esta temporada no pasarían muchos apuros, objetivo que cumplió gracias a la buena planificación en pretemporada y a que el equipo consiguió la permanencia a falta de seis jornadas. La situación con el técnico catalán tampoco mejoró mucho y consiguió la permanencia a falta de tres partidos para finalizar la temporada, la cual ha vuelto a ser un fracaso. Tras un tiempo, esta situación desembocó en el regreso de Mateu Alemany a la presidencia del club. En la temporada 2005-2006, después del milagro de la permanencia, Mateu Alemany dejó la presidencia del club, ocupando su lugar Vicente Grande. La temporada 2004-2005 se había diseñado con Luis Aragonés en el banquillo, pero la dimisión de Iñaki Sáez le dio la oportunidad de dirigir a la Selección española de fútbol y en su lugar llegó Benito Floro. Antes de la temporada 2001-2002, Luis Aragonés decide no renovar para irse al Atlético de Madrid y en su lugar se ficha a Bernd Krauss.
Fue en la promoción frente al Espanyol y fue el primer ascenso que tuvo lugar jugando el equipo en su casa. Pero en la jornada nº23 presentó su dimisión, ya que el equipo llevaba nueve jornadas sin ganar, y en su lugar llegó el artífice de la Copa Gregorio Manzano. Kasim, Damiá Sastre y Brandon suben definitivamente del filial Mallorca B, que esta temporada jugará en la Tercera División-Grupo Balear. Se trata, en definitiva, de una amalgama de jugadores veteranos, jóvenes promesas y jugadores del filial. Pasarán a jugar en el filial y subirán al primer equipo cuando el entrenador lo considere conveniente. 1981 / 1982 – El entrenador Pedro Buenaventura Gil lleva al equipo a disputar la copa de la UEFA. En la temporada 1991-1992 el equipo descendió de nuevo a la Segunda División Española. El técnico Gregorio Manzano se convirtió esa temporada en el entrenador con más partidos en Primera División con el club. Durante la primera temporada del nuevo milenio, la 2000-01, el equipo estuvo comandado por mítico entrenador español Luis Aragonés, con el cual el equipo consigue la tercera posición dentro de la Primera División Española, con el récord de 71 puntos, por lo que consigue clasificarse para la temporada 2001-2002 de la Champions League.
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